Jura
vient du celtiqueJOR
forêt, les romains nomment ce massifJURIS
signifianthauteurs boisées
, ce dernier terme fut construit par Jules César.Les XVI et XVIIème siècles
Lorsque le fils de Maximilien,Philippe le Beaux qui épousa Jeanne héritière des Espagnes mourut en 1506, Maximilien garda sous sa tutelle son neveu de 5 ans qui allait devenir Charles-Quint et confia l'administration de la Franche-comté à sa fille Marguerite, qui n'a laissé dans le pays que le souvenir de ses nombreux bienfaits. Marguerite avait épousé en 1501 le duc de Savoie, Philibert le Beau, qui mourut prématurément en 1504, elle décida alors de faire construire l'église de Brou pour abriter le tombeau de son époux.
Sous le sage gouvernement de cette princesse, la Franche-Comté s'administra par elle-même, le pouvoir y appartenait en commun au gouverneur militaire, Guillaume de Vergy, au parlement de Dole qui avait à sa tête Mercurin de Gatinara, et aux états de la province. En 1512, Mercurin de Gatinara, devenu cardinal, négocia avec la France un traité, renouvelé en 1522 et garanti par les Suisses, qui neutralisait la Franche-Comté en temps de guerre. Ce traité évita à la Franche-Comté les malheurs de la guerre entre François Ier et Charles Quint.
Après la mort de Marguerite à Malines (1530), son neveu Charles-Quint,empereur d'Allemagne et roi d'Espagne, recueillit sa succession. Sous son successeur Philippe Il, le pays fut envahi par Henri IV, qui fit aux Franc-Comtois une guerre d'extermination fâcheuse pour sa mémoire. La victoire de Fontaine-Française (1595), ou il culbuta les troupes de l'espagnol Velasco, lui avait ouvert la Franche-Comté. Lons-le-Saunier, Château-Châlon, etc. , furent incendiés. Arbois fut sans doute épargnée grâce à l'héroïque résistance que lui opposa le capitaine Morel.
Toutefois, les clauses de la capitulation ne furent pas scrupuleusement observées, et le maréchal de Biron fit pendre le courageux Arboisien. La paix de Vervins (1598) assura aux Franc-Comtois quelques années de tranquillité.
En 1633, à la mort d'Isabelle, sans enfant, les Pays-bas et la Franche-comté ne seront plus gouvernés depuis Bruxelles mais retombreont sous la responsabilité directe de gouverneurs généraux nommés depuis Madrid.
En 1635, le cardinal de Richelieu ayant déclaré la guerre à l'Espagne, une armée de 20 000 hommes, sous les ordres du prince de Condé, entra en Franche-Comté, et y fut bientôt secondée par le duc de Saxe-Weimar, à la tête de ses féroces Suédois.
Presque toutes les villes, à l'exception des quatre places fortes de la province, Besançon, Salins, Gray et Dole , furent prises, incendiées et pillées, malgré l'héroïsme de Lacuzon et de Jean Varroz, les défenseurs légendaires de l'indépendance franc-comtoise. Les populations furent en peu de temps ruinées par les contributions de guerre, et, pour comble de malheur, décimées par la famine et par la peste qui enleva aussi le duc de Saxe-Weimar.
En Mai 1636 commence le siège de Dole , alors capitale de la Franche-Comté, par les armées du prince de Condé. Les assauts vont se succéder contre la ville du 27 Mai au 15 Août, la cité ne sera finalement pas prise par les français qui seront mis en fuite par l'armée de secours.
Jusqu'en 1644, la comté va vivre ce que Girardot Nozeroy appela la guerre de 10 ans (Avatar régional de la guerre de 30 ans).
Ruinée et dépeuplée, la province obtint enfin un traité de neutralité en 1642. La paix des Pyrénées, conclue plus tard en 1659 mit fin aux hostilités entre la France et l'Espagne et confirma l'appartenance de la comté aux espagnols.
Après la mort de Philippe IV, dont il avait épousé la fille, Louis XIV revendiqua la possession de la Franche-Comté, malgré la renonciation formelle qu'il avait faite lors de son mariage.
En 1668, 20 000 hommes envahirent de nouveau le pays, dont la conquête se fit en trois semaines, grâce aux trahisons achetées par Louvois dans la bourgeoisie et aux brillantes promesses de Louis XIV aux nobles franc-comtois.
Le traité d'Aix-la-Chapelle rendit la province à l'Espagne mais elle fut de nouveau envahie par les Français en 1671 et conquise en deux mois.
Le traité de Nimègue, en (1678), sanctionna la réunion définitive de la Franche-Comté à la France. Le Parlement et l'Université de Dole furent transférés à Besançon, le premier en 1676, la seconde en 1691.