Le développement du Christianisme
Le christianisme y fut apporté, dès le IIe siècle, par des disciples de saint Irénée, Ferréol et Ferjeux, qui furent martyrisés en 211, et par leurs successeurs, saint Lin et saint Germain.
Au cinquième siècle, saint Lupicin vint s'établir dans une solitude des montagnes du Jura. Au siècle suivant, saint Claude, archevêque de Besançon, venait, à son exemple, se retirer dans la vallée de la Bienne.
C 'est sous l'inspiration de ces pieux apôtres que se fonderont les nombreux monastères dont nous voyons aujourd'hui les ruines,
- l'abbaye de Saint-Claude, qui fut l'origine de la ville actuelle,
- l'abbaye de Baume-les-Messieurs, fondée au commencement du sixième siècle,
- l'abbaye de Château-Châlon (septième siècle),
- l'abbaye de Gouailles, près de Salins (treizième siècle),
- l'abbaye de Vaux-sur-Poligny, créée vers l'an mil par Othon-Guillaume,
- l'abbaye de Mont-Roland, près de Dole,
- l'abbaye de Grandvaux, près de Saint-Laurent,
- Le prieuré de Gigny (889), dans la vallée du Surand,
- l'abbaye de la chartreuse de Bonlieu (1176),
- Les abbayes d'Acey, de Migette, de Vaucluse, etc...
Les Pagus Jurassiens
Les Burgondes
Après la grande invasion des Alamans, un peuple nouveau, les Burgondes ou Bourguignons, s'établit dans la Grande-Séquanaise et y fonde en 475 un état connu sous le nom de Burgondie ou premier royaume de Bourgogne. Gondebaud, roi burgonde célèbre par la loi Gombette , législation sage apportant une certaine égalité entre les vainqueurs et les vaincus, donna sa nièce Clotilde (que l'Église a canonisée) en mariage à Clovis, chef des Francs, tribu germanique qui avait conquis une partie de la Gaule. Mais les fils de cette princesse, après la mort de Gondebaud, dépouillèrent son neveu et héritier, Gondemar, de son royaume de Bourgogne, qui fut ainsi incorporé à l'empire des Francs (534). Le premier royaume de Bourgogne avait duré 60 ans (475-534).
Période Mérovingienne
Sous les Mérovingiens, la Bourgogne fut tour à tour soumise aux rois de Neustrie ou d'Austrasie et au roi unique des Francs, ou bien elle fut presque indépendante sous un maire particulier, un de ces grands officiers qui gouvernèrent la France sous les rois fainéants.
Vers 732, la Bourgogne fut envahie par les Sarrasins, entrés en Europe par l'Espagne, et qui pillèrent les abbayes de Baume et de Saint-Claude.
Période Carolingienne
Charlemagne érigea la Bourgogne en duché et en donna le gouvernement, d'abord a un seigneur nommé Samson, qui fut tué à la bataille de Roncevaux, puis à Hugues, un de ses fils naturels. Lors du premier démembrement de l'empire de Charlemagne après la bataille de Fontanet (841), livrée entre les fils de Louis le Débonnaire, la Bourgogne fut divisée en duché de Bourgogne et en un second royaume de Bourgogne, c'est dans ce dernier qu'était compris le département actuel du Jura.
En 843 le traité de Verdun attribuât à Lothaire I toute la région comprise entre le Rhin, la Saône et le Rhône. Ce fut l'origine des prétentions du Saint-Empire sur ces territoires d'origine gauloise et de langue latine. Depuis cette période l'histoire du duché est indépendante de celle du comté jusqu'en 1318. Le royaume de Bourgogne échut à Lothaire II, puis à son frère et enfin à Louis Il, dit le Jeune, fils de Lothaire Ier, et petit-fils de Louis le Débonnaire.
En 870, Charles le Chauve s'empara de toute la Séquanaise, héritage de Louis II le Bègue.
Louis Il en mourant ne laissa qu'une fille, Hermengarde, qui épousa, en 876, Boson, duc de Milan, un des grands officiers du royaume et qui profita des troubles qui suivirent la mort de Charles le Chauve pour se faire nommer roi. En octobre 879, les évêques de la Burgondie, réunis à Mantaille (Drôme), proclamèrent Boson roi de toute la région allant de la Saône à la Méditerranée, et des Alpes au Rhône; ce royaume porta tour à tour le nom de royaume de Provence et de royaume de Bourgogne.Sa possession fut à l'origine de luttes qui ensanglantèrent la région jusqu'en 1038.
Boson mourut en 887, laissant un fils en bas âge, Louis l'Aveugle, qui fut dépouillé d'une partie de ses états (888) par son oncle Rodolphe ler, comte d'Auxerre et fils d'un prince allemand, Conrad.Le royaume de Bourgogne se trouva alors divisé en Bourgogne cisjurane, qui resta à Louis, et en Bourgogne transjurane. Mais un des successeurs de Louis l'Aveugle, Hugues, petit-fils de Lothaire, aspirant à la couronne impériale, céda ses états à Rodolphe II, roi de la Transjurane, et les deux Bourgognes se trouvèrent réunies (933), sous le nom de royaume d'Arles.
A la mort de Rodolphe III le Fainéant(1032), dernier roi de Bourgogne, Conrad II le Salique, roi de Germanie, hérita du royaume de Bourgogne, qu'il annexa à l'empire germanique. Toutefois, un grand nombre de fiefs, notamment le comté palatin de Bourgogne qui se nommera plus tard la Franche-Comté dont furent séparées les seigneuries de Montbéliard et le principat de Besançon, laissés aux archevêques, se rendirent indépendants sous des comtes particuliers.
Othon-Guillaume fut le premier comte héréditaire de Franche-Comté (995). Un de ses successeurs, Rainaud II, fut en guerre avec l'empereur d'Allemagne Henri III, qui voulait le forcer à reconnaître sa suzeraineté, mais qui mourut pendant la lutte.
Période Capetienne
Béatrix, fille de Rainaud II, qui succéda à son père (1144), épousa l'empereur Frédéric Barberousse qui fit de Dole, dont il agrandit le château, l'une de ses résidences favorites, à défaut de Besançon. L'ancienne Séquanaise, devenue ainsi une propriété de l'Empire d'Allemagne, demeura cependant exempte de toute taille et imposition, elle ne fut soumise qu'au service militaire et à quelques redevances honorifiques.
Toutefois, cette dénomination ne se trouve pour la première fois employée dans un acte historique qu'en 1366, jusqu'alors la province continua d'être désignée sous le nom de terre d'Empire, comté ou terre de Bourgogne en Empire.
Le second fils de Frédéric, Othon Ier , hérita de la Franche-Comté en 1185. Sa fille, Beatrix II, épousa en 1208Othon, duc de Méranie, état de l'Empire d'Allemagne. Cette alliance déplut aux seigneurs franc-comtois, qui commencèrent une guerre civile de plusieurs années ; la lutte se termina par le mariage en 1248 d'Alix, fille d'Othon et de Béatrix, avec Hugues de Châlon, fils de Jean de Châlon, le plus puissant seigneur du pays, qui n'a laissé en Franche-Comté, où il affranchit les montagnards de ses domaines, que des souvenirs d'humanité.
Jeanne Ire, fille d'Hugues de Châlon, épousa Philippe V le Long devenu roi de France en 1317 et mort en 1322. Le mariage de sa fille Jeanne Il avec Eudes IV, duc de Bourgogne, amena la réunion du comté et du duché de Bourgogne, séparés depuis cinq siècles (1318).
Le règne d'Eudes IV, depuis son mariage jusqu'à sa mort (1348), ne fut qu'une longue guerre civile dite des Gageries, l'aristocratie comtoise se leva contre Eude et fit appel aux Anglais. A la mort de son petit-fils, Philippe de Rouvres (1361), Jean, roi de France, s'appuyant du droit féodal, incorpora le duché de Bourgogne à la France, tandis que le comté retourna à la comtesse de Flandre, Marguerite de France, aïeule de la jeune duchesse Marguerite, veuve de Philippe de Rouvres, qui se remaria au comte de Flandre. Leur petite-fille épousa Philippe le Hardi, duc de Bourgogne, en 1384 de sorte que le duché et le comté se trouvèrent de nouveau réunis (1363) sous la seconde maison ducale de Bourgogne, celle des Valois de 1384 à 1477. Ce fut sous le règne de cette princesse que parut pour la première fois dans un acte officiel le nom de Franche-Comté (traité du 27 juin 1366 entre Marguerite et le comte Henri de Montbéliard)
Philippe le Hardi réorganisa en 1394 le parlement de la Comté et l'installa à Dole. Son fils, le comte de Nevers, au cours d'une expédition française contre le sultan Bayazid Ier, fut fait prisonnier à la bataille de Nicopolis, qui fut une déroute pour les croisés.
Henri de Montfaucon, unique héritier du comte de Montbéliard, et le vieil amiral Jean de Vienne y périrent (1396). Le comte de Nevers, devenu comte-duc de Bourgogne et connu sous le nom de Jean sans Peur, soutint la commune de Besançon pour amoindrir la puissance temporelle des princes-archevêques.
On sait le rôle considérable que joua Philippe pendant la folie du roi de France Charles VI, et la querelle des Armagnacs et des Bourguignons qui eut pour origine l'assassinat du duc d'Orléans par Jean sans Peur, tué à soittour d'un coup de hache sur le pont de Montereau (1419). Mais la Franche-Comté n'eut pas à souffrir de ces discordes civiles, et les ducs de Bourgogne se firent un devoir de lui conserver intacts ses anciens privilèges. Son fils, Philippe le Bon, établit à Dole une université (1422). Cette union des deux Bourgognes prit fin avec la mort du quatrième comte-duc, Charles le Téméraire, tué à la bataille de Nancy (1477).
Périodes Autrichienne et Espagnole