Le XIXème siècle
En 1814, les volontaires du pays organisèrent une résistance sérieuse contre les Alliés. En 1815, le maréchal Ney, chargé par Louis XVIII de s'opposer à la marche de Napoléon revenant de l'île d'Elbe, s'arrêta à Lons-le-Saunier et y fit à ses soldats une proclamation célèbre que la seconde Restauration ne sut pas lui pardonner.
En novembre et décembre 1870, les Allemands qui occupaient la Haute-Saône et la Côte-d'Or firent quelques apparitions dans le nord du Jura. Un détachement vint même, le 13 novembre, jusqu'à l'entrée de Dole, où il fut reçu par quelques coups de fusil qui lui firent prendre la fuite.
Le département fut envahi le 21 janvier 1871. Les Allemands arrivèrent devant Dole vers midi et demi deux à trois cents gardes nationaux, mal armés, et quelques soldats de passage, eurent la patriotique témérité de leur disputer l'entrée de la ville, dont ils ne furent maîtres qu'après un combat acharné de trois à quatre heures, auquel prirent part 5000 à 6000 Prussiens. Ce combat retarda d'au moins 24 heures l'armée ennemie qui avançait à marches forcées pour couper la ligne de retraite de notre armée de l'Est.
En 1814, Besançon soutint un blocus de trois mois, et les volontaires du Bugey et de Franche-Comté ralentirent plus d'une fois la marche des Alliés.
Durant la guerre de 1870-1871, les Allemands occupèrent la Haute-Saône après les combats de Villersexel et d'Héricourt, ils envahirent le nord du Jura, s'emparèrent de Dole qui, privée de moyens de défense, ne résista que quelques heures, puis cherchèrent à couper la ligne de retraite de l'armée de l'Est.
L'artillerie des forts de Salins, de Joux et du Larmont protégea la retraite et 85'000 Français, exténués, purent pénétrer en Suisse où ils furent internés.
Le XXème siècle
La Seconde Guerre mondiale
En juin 1940, la Franche-Comté fut rapidement envahie par les Allemands, presque sans combats.
Venant de Vesoul, les troupes du IIIe Reich arrivèrent à Besançon le 17 juin, puis se rabattant rapidement vers l'est, atteignirent la frontière suisse le 18, dans la région du Russey, coupant ainsi la retraite des forces françaises d'Alsace qui tentaient de gagner le Midi en longeant la frontière.
Durant l'occupation, la Franche-Comté fut une des contrées d'élection de la Résistance. A partir du 6 juin 1944, et du débarquement des forces alliées en Normandie, l'action de la Résistance entra dans une phase militaire active.
Les maquis, organisés dans les montagnes, attaquèrent et harcelèrent les convois ennemis. Les maquisards, renforcés de nouvelles recrues, s'attaquèrent même aux camps allemands de Marsonnas et de Mantenay-Montlin, dans l'Ain, et l'action des patriotes prit l'aspect d'une véritable insurrection.
C'est ainsi que toute une zone du département de l'Ain, située entre le Revermont, le pays de Gex et la cluse des Hôpitaux, s'érigea en IVe République du 6 juin au 13 juillet, les Allemands durent envoyer pour reprendre cette région l'effectif d'une division.
De même, dans le Doubs, le Groupe Doubs-Nord entra en action dès le 8 juin sur le plateau de Maiche et, en moins de deux mois, libéra par ses seuls moyens tout le territoire entre le Doubs et le Dessoubre.
Dans la même région, la montagne du Lomont fut solidement tenue, à partir du 15 août, par les FFI qui résistèrent à toutes les attaques allemandes jusqu'à l'arrivée de l'armée de Lattre de Tassigny, le 6 septembre.
Dans les derniers jours d'août et les premiers jours de septembre 1944, toute la région montagneuse de la Franche-Comté avait été libérée par les FFI dès avant l'arrivée de la 7e armée américaine à laquelle était incorporée l'armée de Lattre.